Incapacidades

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21 sept 2023
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Actualizado: hace 2 días

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Tabla de contenido

Registro de Incapacidades.
Novedades de Autoliquidación.
Liquidación de Tipo de Incapacidad " Enfermedad general".
Liquidación de Tipo de Incapacidad " Prorroga enfermedad general".
Liquidación de Tipo de Incapacidad " Licencia de maternidad y paternidad".
Liquidación de Tipo de Incapacidad " Enfermedad profesional".

Las incapacidades laborales se presentan cuando el trabajador no puede realizar sus labores debido a una enfermedad o un accidente; cuando el trabajador sufre una afectación a su salud, además del tratamiento médico requiere de reposo físico para su completa recuperación y por ello es el médico quien prescribe la incapacidad médica.

Para garantizar la correcta liquidación periódica de nómina es importante realizar el registro de las diferentes incapacidades que se presenten.

Registro de Incapacidades

1. Registro de incapacidad

Para registrar una incapacidad debe ingresar por la ruta: Procesos/Nómina/Incapacidades.

Nota: aplica para los módulos que tengan el complemento de nómina.

A. No. Radicación: digite el número de radicación de la incapacidad, o puede asignar un número aleatorio.

B. Tipo de Incapacidad: seleccione el tipo de incapacidad a liquidar que puede ser: enfermedad general, prorroga enfermedad general, licencia de maternidad o paternidad y enfermedad profesional.

C. Contrato: deberá filtrar y seleccionar el empleado al cual le registrará la incapacidad.

D. Días de incapacidad: digite el número de días de la incapacidad.

E. Días a cargo de la empresa: el sistema le asigna automáticamente 2 días para incapacidad por enfermedad general.

F. Fecha de inicio: digite la fecha de inicio la incapacidad.

G. Fecha de terminación: digite la fecha que termina la incapacidad.

H. Concepto empresa: en este campo podrá seleccionar el concepto de nómina que corresponde a la empresa, como puede ver en la imagen anterior.

I. Concepto fondo: relacione el concepto del fondo EPS, el cual también estará creado en los conceptos de nómina.

2. Cálculo de Base de Liquidación

J. Periodo desde: seleccione un periodo en el cual el contrato ha sido liquidado para tomar como base de cálculo.

K. Periodo hasta: seleccione un periodo en el cual el contrato ha sido liquidado para tomar como base de cálculo.

L. Base de cálculo: el sistema asigna automáticamente si ha seleccionado un rango de fechas para el cálculo de base de liquidación o puede digitar el valor del salario del empleado manualmente para la base de cálculo.

M. Calcular: permite realizar el cálculo correspondiente al fondo y a la empresa.

3. Valor de Incapacidad

N. Fondo y empresa: el sistema asignará en cada campo el valor correspondiente según los días.

Nota: según el artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo, en caso de incapacidad general existe un tope salarial, el cual para el año 2026 es de $2.626.357 que equivale a las (2/3) partes del salario mínimo.

Para que el sistema tenga en cuenta dicho valor, debe realizar la configuración por la ruta: Sistemas/ Parámetros/ Parámetros Avanzados/ Nómina / Tope salarial para liquidación de incapacidad por enfermedad general.

4. Pagos Realizados por Nómina

Debe relacionar el periodo de liquidación de nómina (mensual o quincenal) en el cual se verá reflejada la incapacidad registrada. Seleccione la opción adicionar y diligencie los campos como lo muestra la imagen.

O. Días fondo: digite el número de días de incapacidad que le corresponde a la EPS o ARP en el periodo de nómina a liquidar. (El sistema trae el valor correspondiente).

P. Fecha desde: digite le fecha de inicio del periodo de nómina a liquidar.

Q. Fecha hasta: digite le fecha final del periodo de nómina a liquidar.

R. Primer pago: dado que los días del fondo se distribuyen junto con el período de nómina, en el primer registro es necesario marcar el parámetro "Primer pago", para que el sistema tenga en cuenta la liquidación de los días correspondientes de la empresa dentro de este período de nómina.

S. Fecha Inicio de planilla: digite la fecha inicial de la incapacidad.

T. Fecha final planilla: digite la fecha de finalización de la incapacidad.

U. Retroactivos: parámetro habilitado para entidades oficiales que requieren ajustar el valor de las incapacidades como retroactivo. Para mayor detalle sobre su configuración y uso, se recomienda consultar el Manual de Liquidación de Retroactivos.

Nota: la fecha desde y la fecha hasta son las que corresponden al periodo de nómina en donde se verá reflejada la incapacidad y no a las fechas de duración de la incapacidad.

5. Grabar

Una vez haya finalizado el diligenciamiento de la incapacidad, seleccione la opción grabar, cuando ingrese a la nómina periódica y liquide el empleado verá la incapacidad.

Siguiendo este paso a paso podrá hacer uso de esta herramienta.

Novedades de Autoliquidación

Una vez haya registrado la incapacidad deberá ver reflejado los días de incapacidad de cada periodo desde la ruta: Catálogo de terceros (consulte el empleado al que se le realizo el registro de incapacidad) / herramientas/ hoja de vida empleados/ novedades de autoliquidación. Según el ejemplo del registro de incapacidad de 9 días serán distribuidos desde la fecha de inicio.

Liquidación de Tipo de Incapacidad " Enfermedad general"

La incapacidad laboral de origen común o enfermedad general es la que se presenta por una enfermedad o un accidente que no tiene relación con el trabajo que realiza el empleado, es decir, ocurre fuera de sus funciones laborales, como una enfermedad común o un accidente en su tiempo personal.

La incapacidad de origen común está a cargo de la EPS, pero solo a partir del tercer día, es decir:

Pago de la incapacidad:

Días 1 y 2: los paga el empleador.
Desde el día 3: los paga la EPS.

Como ejemplo tendremos el registro de incapacidad de la empleada Marin Meybis, a la cual le brindaron 9 días de incapacidad desde el 27 de enero del 2026 hasta el 5 de febrero de 2026.

Tendremos 7 días a cargo del fondo y 2 días a cargo de la empresa.

Primero evaluaremos si se aplicara la regla del 66.67% este se haya de la siguiente forma:

Se parte del salario básico mensual
Salario básico: $2.648.944
Se calcula el valor del día trabajado y se multiplica con los días de incapacidad
2.648.944÷30=88.298
Se calcula el valor total de la incapacidad (100%)
88.298×9=794.683
Se aplica el porcentaje del 66,67%
794.683×66,67%=529.815
Se obtiene el valor diario bajo el 66,67%
529.815÷9=58.683
Se compara con el valor del diario del salario mínimo
1.750.905÷30=58.363

👉 Regla:

Si el valor diario calculado con el 66,67% es inferior al valor diario del salario mínimo, NO se puede aplicar ese porcentaje, y se debe pagar como mínimo el valor del día del salario mínimo.

Para que el sistema lo realice de forma automática puede activar el parámetro avanzado Tope salarial para liquidación de incapacidad por enfermedad general.

Nota: la normativa que respalda el pago de una incapacidad por debajo del 66.67% en Colombia se encuentra principalmente en el artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo (CST).

Ahora que conocemos que esta incapacidad se liquidará bajo el 66,67% el cálculo aplicado por los días de incapacidad será el siguiente:

Formula fondo: Base de cálculo/ 30 días de incapacidad a cargo del fondo * (66.67% si aplica).

Fondo: $2.648.944 / 30 * 7 = $618.086 *66.67%

Total Fondo= $412.058

Estos días se distribuirán de acuerdo con los períodos de nómina. Por ejemplo, en el período del 1 al 30 se liquidan dos (2) días del fondo y en el período del 1 al 28 de febrero se liquidan cinco (5) días, para un total de siete (7) días.

Empresa: $2.648.944/30 * 2 = $176.596 (para este caso los días de la empresa se liquidaron al 100%).

Los dos (2) días a cargo de la empresa se liquidarán en la nómina periódica. Es importante marcar el parámetro "Primer pago" para que dichos días se visualicen y se tengan en cuenta en este período de nómina.

Primera liquidación

Segunda liquidación

Liquidación de Tipo de Incapacidad " Prorroga enfermedad general"

La prórroga de una incapacidad laboral se presenta cuando, una vez finalizado el período inicial de incapacidad, el médico tratante determina que el trabajador aún no se encuentra en condiciones de reincorporarse a sus labores y requiere más tiempo para completar su recuperación.

En este caso, el profesional de la salud extiende la incapacidad original, manteniendo la misma causa médica, por lo que no se considera una nueva incapacidad, sino la continuación de la anterior.

Cuando existe prórroga de la incapacidad, se aplican las siguientes reglas:

La EPS continúa asumiendo el pago de la incapacidad.
El empleador no está obligado a pagar los dos primeros días de la prórroga, ya que estos solo se reconocen en la primera incapacidad o cuando se trata de una nueva incapacidad.
Se paga bajo el 66.67%

Como ejemplo tendremos el registro de incapacidad de la empleada Marin Meybis, a la cual le brindaron 10 días de prorroga desde el 6 de febrero de 2026 al 15 febrero del 2026.

Ya que el tipo de incapacidad es una prórroga y cumple con las condiciones para aplicar el 66.67% todos los días están bajo este cálculo y se visualizará de la siguiente forma en la nómina periódica.

Cálculo:

Formula fondo: Base de cálculo/ 30 días de incapacidad a cargo del fondo * (66.67% si aplica) .

Liquidación de Tipo de Incapacidad " Licencia de maternidad y paternidad"

La incapacidad por licencia de maternidad o paternidad corresponde al período de tiempo reconocido legalmente al trabajador para el cuidado del recién nacido, durante el cual se suspende la prestación del servicio, pero se garantiza el reconocimiento económico del ingreso, conforme a la normatividad vigente del Sistema General de Seguridad Social en Salud.

Estas licencias no se consideran una incapacidad por enfermedad o accidente, sino un derecho laboral especial asociado al nacimiento o adopción de un hijo.

Licencia de Maternidad

Consiste en 1 semana preparto (obligatoria la semana anterior al parto, salvo contraindicación médica) y 17 semanas posparto, con posibilidad de extensión por razones médicas.

Licencia de Paternidad

Dura 2 semanas consecutivas, disfrutables en los 30 días siguientes al nacimiento.

Cuando existe licencia de maternidad o paternidad:

La EPS asume el pago de la incapacidad.
Se liquida sobre el 100% del salario base de cotización.
No requiere pago de los dos primeros días por parte del empleador.

Como ejemplo tendremos el registro de incapacidad de la empleada Barrero Paula Andrea, a la cual le brindaron 18 semanas por su licencia de maternidad.

Cálculo

Formula fondo: Base de cálculo/30 días de incapacidad a cargo del fondo.

Fondo: $3.238.703/30 * 126 = $13.602.553

Nota: los días de fondo serán distribuidos según la periodicidad de nómina que maneje.

Liquidación de Tipo de Incapacidad " Enfermedad profesional"

La incapacidad por enfermedad laboral o accidente de trabajo se presenta cuando el trabajador ve afectada su salud como consecuencia directa del ejercicio de sus funciones, del entorno laboral o de un evento ocurrido con ocasión o como consecuencia del trabajo, lo que le impide temporalmente desempeñar sus labores habituales.

Este tipo de incapacidad hace parte del Sistema General de Riesgos Laborales y tiene un tratamiento diferente a la incapacidad por enfermedad común.

La enfermedad laboral es aquella contraída como resultado de la exposición a factores de riesgo propios del trabajo, de manera progresiva o crónica. Sus principales características son:

Debe estar calificada como enfermedad laboral conforme a la normatividad vigente.
Es atendida y reconocida por la ARL.
El pago de la incapacidad se realiza desde el primer día.
Se liquida sobre el 100% del salario base de cotización.
No existe pago de los dos primeros días por parte del empleador.