Facturación Electrónica Sector Salud
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- 20 nov 2025
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Actualizado: 21 nov 2025
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Tabla de Contenido
La Facturación Electrónica en el sector salud en Colombia está regulada principalmente por la Ley 1966 de 2019, que obliga a todos los Prestadores de Servicios de Salud a generar Factura Electrónica de Venta para el cobro de los servicios y tecnologías en salud. Este proceso consiste en la emisión, recepción y validación digital de las facturas por parte de los prestadores (IPS, hospitales, clínicas) y las entidades pagadoras (EPS, ADRES y entidades territoriales), cumpliendo con los requisitos legales y técnicos específicos establecidos para el sector salud.
A. Proceso de Facturación
El Prestador de Servicios de Salud es quien genera dos documentos principales: los RIPS (Registros Individuales de Prestación de Servicios) y la FEV (Factura Electrónica de Venta en salud).
Los RIPS contienen el detalle de los servicios de salud prestados y son enviados junto con la factura electrónica, sin embargo, SysCafé no incluye la generación de RIPS, ya que su alcance está orientado específicamente a la gestión y emisión de facturación electrónica.
B. Validación y Auditoría
El ministerio de salud por medio del mecanismo central llamado CUV audita y valida estas facturas junto con los RIPS y otros soportes documentales antes de llegar a la entidad responsable del pago.
C. Entrega a las Entidades Responsables de Pago
Una vez las facturas se encuentren con los lineamientos correctos son enviadas a las entidades responsables de pago ( EPS, Ent. territoriales, Andres u otros pagadores).
Ambiente de habilitación
1. Con el fin de realizar las pruebas en ambiente de habilitación ante el portal de la DIAN debe ingresar a la carpeta raíz del software, para esto de clic derecho en el ejecutable del software, seleccionan "Propiedades" y posteriormente, selecciona "Abrir ubicación".
2. Ingresan por la carpeta "Datos".
3. Debe copiar la carpeta de la empresa a la cual se le realizará la implementación y pegarla allí mismo. Una vez copiada la carpeta de la empresa, debe cambiar el nombre a la carpeta (Ej. FELSALUD)
4. Debe ingresar a la base de datos "FELSALUD" con su usuario y asignarle una segunda contraseña, a través de la ruta: Sistema/Parámetros/Otros Parámetros/Establecer/Cambiar contraseña de la empresa; a razón de que nadie más pueda ingresar a la misma por seguridad de la información.
5. También se recomienda cambiar el color de fondo de la pantalla y registrarle un mensaje al fondo de la pantalla. Dando clic derecho en la pantalla principal del programa.
Una vez completado el proceso de preparación en el software, debe continuar con la parametrización en el ambiente de habilitación de la DIAN.
Parametrización en el Portal DIAN – Ambiente de Habilitación
1. Ingreso al Portal DIAN
• Acceda al portal de la DIAN Ambiente de Habilitación - DIAN
• Seleccione el método de ingreso según corresponda: empresa o persona.
• Ingrese los datos requeridos y haga clic en "Entrar".
• La DIAN enviará un enlace de acceso al correo electrónico del representante legal.
2. Siga la ruta: Menú /Registro y habilitación /Documentos electrónicos.
3. Seleccione el tipo de documento electrónico: "Factura electrónica".
A continuación, deberá:
• Seleccionar el modo de operación.
• Ingresar el nombre del proveedor tecnológico.
• Ingresar el nombre del software.
• Hacer clic en "Asociar".
4. Una vez completado este paso, se mostrará el listado de modos de operación asociados. Verifique que el estado sea "Habilitado" y copie el código TestSetID, ya que será necesario para continuar en el software.
5. Diríjase a la ruta: Sistema/ Parámetros/ Facturación electrónica.
• Seleccione la pestaña "Conexión".
• En el campo Ambiente DIAN, elija "Habilitación".
• Pegue el código copiado en el campo "TestSetID Habilitación".
6. Después de configurar la conexión con el ambiente de habilitación:
• Cree un tipo de comprobante de factura de venta.
• Envíe una factura electrónica de venta a la DIAN, con el fin de completar el set de pruebas requerido.
• Una vez completado el set de pruebas, se registrará la fecha de salida a producción.
Este proceso se realiza sincronizando a producción, para que al usuario le sea asignada la responsabilidad 52, correspondiente a la facturación electrónica. Esta responsabilidad es asignada a las empresas o personas que están autorizadas para emitir documentos electrónicos de venta, como facturas electrónicas.
Nota: Una vez el set de pruebas haya sido aprobado exitosamente, debe mover la base de datos de pruebas a la carpeta CANECA. Esto es importante para evitar que el usuario continúe ingresando información en un entorno de pruebas
Ambiente de producción
El Ambiente de Producción es el entorno donde los documentos electrónicos tienen valor fiscal, es decir, aquellos generados y transmitidos en este ambiente son válidos legalmente para efectos tributarios y fiscales.
Acceso al Ambiente de Producción - DIAN
Una vez finalizada la habilitación en la plataforma de la DIAN, podrá continuar con la transición al Ambiente de Producción Ambiente de Producción - DIAN. Para ello:
1. Seleccione el modo de ingreso: como empresa o persona.
2. Ingrese por la ruta: Menú/Configuración/Asociar Rangos de numeración.
3. Asocie la resolución de la factura electrónica.
Parametrización comprobante de factura- sector salud
Acceda a la base de datos de la empresa en la ruta: Sistema/Parámetros/ Información de la empresa, en esta sección, verifique que este digitado el campo "Código IPS"
Factura de venta
Para crear el comprobante, ingrese por la ruta: Archivo/ Catálogo de tipos de comprobantes/ Nuevo.
1. Seleccione la clase "Factura de venta" y grabe.
2. Modifique, seleccione parámetros DIAN y diligencie modalidad "Documento electrónico", asocie el prefijo y rangos de numeración de la Resolución de factura electrónica.
3. En tipos de operación, seleccione "Sector salud".
4. Diríjase a parámetros especiales y active en "Configuración de ítems" ver columna servicios, regrese y grabe.
Facturación
Cuando un paciente del régimen contributivo recibe atención, puede estar obligado a pagar una cuota moderadora o copago. La entidad responsable del pago (EPS, entidad territorial, ADRES, etc.) paga el valor restante del servicio según lo estipulado, de modo que la factura total se divide entre el pago directo del usuario (paciente) y el pago por la entidad pagadora.
El prestador debe expedir dos facturas electrónicas de venta:
Factura al paciente: valor por cuota moderadora, copago, pagos compartidos planes de salud o anticipos).
Factura a la entidad pagadora (ERP): valor que será asumido por la entidad responsable del pago.
1. Ejemplo practico factura al paciente
Un paciente, Pepito Pérez, recibe una cirugía maxilofacial cuyo costo total es de $500.000. El paciente paga una cuota moderadora de $50.000, y la ERP asume el valor restante.
Para registrar adecuadamente este proceso en el sistema, es necesario crear un servicio o venta que identifique la cuota moderadora, ingrese por la ruta: Archivos/ Catálogo de servicios ventas.
Allí debe:
Crear el servicio correspondiente a la cuota moderadora.
Asignar cuentas contables de anticipo que no afecten el ingreso.
Como ejemplo se relaciona la cuenta 280505 .
Nota: la cuenta que parametrice en este campo debe tener el parámetro "Requiere y acumula saldos por tercero" y debe estar creada como una forma de pago "Anticipo recibido (clientes)".
Ingrese por: Movimientos/Factura de venta y realice la factura de venta para el cliente (paciente) por el valor de la cuota moderadora, para el ejemplo $50.000.
Ingrese a el campo "+info.Salud" y seleccione los datos según corresponda.
Para el ejemplo de esta factura el "Uso de factura" corresponde a "Recaudo [SS-Recaudo]", luego digite el periodo de facturación y seleccione la forma de pago recibida.
Nota: el periodo de facturación no puede superar la fecha de la factura de venta salud.
Finalmente puede grabar, al revisar la imputación contable observara que el valor del copago se registra como un anticipo contra la forma de pago.
2. Ejemplo practico Factura a la entidad pagadora
Ahora realizaremos la factura correspondiente a la entidad responsable del pago.
Allí debe:
Crear el servicio que se esta brindando (ejemplo cirugía maxilofacial).
Asignar la cuenta contable para el ingreso recibido .
Ingrese por: Movimientos/Factura de venta y realice la factura por el valor completo del servicio. En cliente relacionará la entidad responsable del pago que para el ejemplo es sanitas.
En la pestaña formas de pago seleccione adicionar y se visualizara una ventana emergente en la cual seleccionara la forma de pago anticipo (usada en el servicio de la cuota moderadora) y el tercero.
Agregue el valor faltante correspondiente a la entidad responsable del pago ($450.000).
Ingrese a el campo "+info.Salud" y para el ejemplo de esta factura corresponde a "Acreditación [SS-CUFES] [SS-CUDE] " y diligencia los demas datos pertinentes como: modalidad de pago, cobertura, periodo de facturación, contrato o póliza, copago, cuota moderadora, pagos compartidos planes de salud o anticipos.
Nota: los campos contrato y póliza no pueden estar diligenciados a la vez. En caso de tratarse de un copago, cuota moderadora, pagos compartidos planes de salud o anticipos, el valor debe coincidir con lo que haya aportado cliente (paciente) y diligenciarse en la respectiva casilla.
Para el ejemplo de la cuota moderadora aportada por el cliente, esta es diligencia en el campo "Cuota moderadora" por valor de $50.000.
Finalmente, puede grabar y revisar la imputación contable. En esta sección podrá verificar que el anticipo aplicado en la facturación del paciente fue cruzado correctamente y quedó reflejado de manera adecuada en los movimientos contables.
Nota crédito
Las Notas crédito en el sector salud se continúan manejando de la misma forma que para cualquier factura electrónica de venta, es decir, sirven para anular, corregir o disminuir el valor de la factura original, tanto ante la DIAN como ante la entidad responsable del pago.
Sin embargo, un aspecto fundamental es que, ante una devolución o rechazo de factura por parte de la entidad responsable del pago (EPS, ADRES, etc.) el prestador está obligado a emitir la nota crédito correspondiente y actualizar el RIPS.
Por lo tanto, si la factura debe ser anulada, es necesario expedir la nota crédito tanto para devolver el valor al paciente como a la entidad responsable del pago.
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